สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตร (School of Agricultural  Engineering) แห่งมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี เปิดรับนักศึกษาหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตร (Bachelor of Engineering Program in Agricultural Engineering) รุ่นแรกในปีการศึกษา 2539 โดยสังกัดอยู่กับสำนักวิชาเทคโนโลยีเกษตร ต่อมาในปี 2542 มีการรวมกันของสำนักวิชาเทคโนโลยีอุตสาหกรรมและสำนักวิชาเทคโนโลยีทรัพยากรและเปลี่ยนชื่อใหม่เป็นสำนักวิชาวิศวกรรมศาสตร์ (Institute of Engineering) สาขาวิศวกรรมเกษตร จึงได้เข้ามาสังกัดสำนักวิชาวิศวกรรมศาสตร์ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ต่อมาในปี 2550 ได้มีการจัดทำ หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตรและอาหาร (Bachelor of Engineering Program in Agricultural and Food Engineering) ขึ้นมาแทนหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิศวกรรมเกษตร ซึ่งมีวัตถุประสงค์เพื่อผลิตบัณฑิตมารองรับการขยายตัวของอุตสาหกรรมเกษตรและอาหาร

ต่อมาสาขาวิชาฯ ได้เปิดรับนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษารุ่นแรกในปี 2553 เพื่อเข้าศึกษาในหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต และวิศวกรรมศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิศวกรรมเกษตรและอาหาร ในปี 2558 หลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาได้ควบรวมกับสาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี และสาขาวิชาวิศวกรรมการผลิต เปิดรับนักศึกษาในชื่อหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกลและระบบกระบวนการ (Master of Engineering Program in Mechanical and Process System Engineering) และ หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกลและระบบกระบวนการ (Doctor of Philosophy Program in Mechanical and Process System Engineering) ส่วนหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตรและอาหารในปี 2564 ได้ปรับปรุงโดยเพิ่มวิชาโทความเป็นผู้ประกอบการเข้าไปเป็นทางเลือกให้กับนักศึกษาที่สนใจเพิ่มทักษะความเป็นผู้ประกอบการและต้องการดำเนินธุรกิจเป็นของตนเอง

นอกเหนือจากภารกิจด้านการเรียนการสอนแล้วสาขาวิชาวิศวกรรมเกษตรยังมี งานวิจัย งานปรับแปลงถ่ายทอดเทคโนโลยี งานบริการวิชาการ และทะนุบำรุงศิลปะวัฒนธรรมของชาติและท้องถิ่นตามพันธกิจของมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี